Die medizinische Versorgung im Lande ist mit Europa nicht zu vergleichen. Sie ist vielfach technisch, apparativ und/oder hygienisch hoch problematisch, ganz besonders abseits der großen Städte. Vielfach fehlen auch europäisch ausgebildete Englisch/Französisch sprechende Ärzte. Ein ausreichender, in Nigeria gültiger Krankenversicherungsschutz und eine zuverlässige Reiserückholversicherung sind – ebenso wie die Mitnahme einer gut ausgestatteten Reiseapotheke - dringend empfohlen.

Bilharziose-Erreger kommen in manchen Teichen und Flüssen vor, das Schwimmen und Waten in Binnengewässern sollte daher vermieden werden. Gut gepflegte Schwimmbecken mit gechlortem Wasser sind dagegen unbedenklich.

Epidemische Ausbrüche der Meningokokken-Meningitis können vorkommen. Um sich zu schützen, sollte man sich impfen lassen und große Menschenansammlungen meiden.

Tollwut kommt vor. Überträger sind u.a. Hunde, Katzen, Waldtiere und Fledermäuse. Für Rucksackreisende, Kinder, berufliche Risikogruppen und bei längeren Aufenthalten wird eine Impfung empfohlen. Bei Bisswunden so schnell wie möglich ärztliche Hilfe in Anspruch nehmen.

Vogelgrippe Mit dem Nachweis von Influenza A (H5N1) in einem Geflügelzuchtbetrieb in einem Dorf im Bundesstaat Kaduna Anfang Februar 2006 ist der Erreger der Vogelgrippe erstmals in einem afrikanischen Land aufgetreten. Ende Januar 2007 ist in Lagos erstmals ein Todesfall durch das Vogelgrippevirus H5N1 bestätigt worden. Reisende sollen sich daher von Geflügel fernhalten und jeglichen Kontakt mit lebenden und toten Tieren meiden. Auf den Verzehr von rohen Geflügelgerichte und Eiern sollte verzichtet werden. Gut durchgekocht können Geflügelspeisen und Eier jedoch bedenkenlos genossen werden. Generell wird als Vorsichtsmaßnahme eine gründliche Reinigung der Hände mit Wasser und Seife oder auch alkoholischen Händedesinfektionslösungen empfohlen.

Gesundheitszeugnis bei Arbeitaufenthalten nicht nötig für Reisende aus Deutschland, Österreich und der Schweiz.

Landesweit besteht eine erhöhte Infektionsgefahr für diverse Infektionskrankheiten (z.B. Hepatitis A, Typhus, Bakterienruhr, Amöbenruhr, Lambliasis, Wurmerkrankungen), die durch verunreinigte Speisen oder Getränke übertragen werden. Daher sollten stets sorgfältige Nahrungsmittel- und Trinkwasser-Hygienemaßnahmen durchgeführt werden. Wasser sollte generell vor der Benutzung zum Trinken, Zähneputzen und zur Eiswürfelbereitung entweder abgekocht oder anderweitig sterilisiert werden. Milch ist außerhalb der Stadtgebiete nicht pasteurisiert und sollte ebenfalls abgekocht werden. Milchprodukte aus ungekochter Milch meiden. Fleisch- und Fischgerichte nur gut durchgekocht und heiß serviert essen. Der Genuss von Schweinefleisch, rohen Salaten und Mayonnaise ist zu vermeiden. Gemüse sollte gekocht und Obst geschält werden.